تعتبر مراكز التميز البحثي إحدى الثمار التطويرية لوزارة التعليم التي تبنتها ضمن حزمة من البرامج التي تهدف إلى رفع كفاءة التعليم في المملكة العربية السعودية. ولكون "تطوير العلوم والرياضيات" من القضايا التي تتصدرا اهتمام برامج الاصلاح والتطوير التربوي في المملكة فقد صدرت موافقة وزارة التعليم على تمويل "مركز التميز البحثي في تطوير تعليم العلوم والرياضيات" وذلك ضمن المرحلة الثانية من مشروع مراكز التميز البحثي. وقام معالي وزير التعليم (العالي) بتوقيع عقد تمويل المركز مع معالي مدير الجامعة في 10 رجب من عام 1429هــ الموافق 2008/7/13.علما ان المركز بدأ مرحلته التأسيسية بموافقة معالي مدير الجامعة على تأسيس "مركز تطوير تعليم العلوم والرياضيات " في غرة شهر رمضان من عام 1428هـ الموافق 2007/9/13م